住宅購入時の資金援助と登記変更の際の税金面について

現状、住宅の未払いはなく、住宅ローンの肩代わりや手持ち資金の補充に過ぎないのであれば、住宅取得資金の非課税は適用できません。
「主人の持分は主人の父親から援助された金額のみ」ということですが、これは、「私」と「主人」で、不動産の売買をするとの認識でしょうか。
主人の父親から主人が金銭の援助を受けたということで、不動産の持分を持つということは、どこかで金銭と不動産の持分を交換する（売買する）ということになります。

まだ、取得したばかりで、譲渡所得は生じていないと思いますが、持分と金銭が同じ金額であれば、贈与は発生しません。
ただし、主人が、主人の父親からの贈与については、非課税の特例はありませんから、金額により贈与税がかかります。

回答ありがとうございます。
主人の父親から資金贈与（600万円）を受けた金額に見合う持分を主人の名前で登記した場合でも贈与税になるのですか？

「主人の父親から資金贈与を受けた」が贈与です。

そして、持分の登記は、現在あなた100％の不動産を一部減らして、主人の持分にしますね。ココが問題で住宅取得資金の贈与は、次の要件があり、これに抵触するので受けられません。

(5) 自己の配偶者、親族などの一定の特別の関係がある人から住宅用の家屋の取得をしたものではないこと、又はこれらの方との請負契約等により新築若しくは増改築等をしたものではないこと。

そのため、600万円だと、基礎控除額110万円を超えるので、贈与税がかかります。

早速の返答ありがとうございます。
未だ理解出来ていないので質問させていただきます。今年の夏に住宅を購入したので来年確定申告をします。それまでに登記を共有名義にし、義父から主人に住居取得のために贈与された600万分を主人の持分にしても贈与税がかかるということですか？
違うインターネットサイトで、申告前に贈与された金額に見合う持分に登記を変更すれば
非課税だとお見受けしたことがあるのですが…
義父からの資金贈与はあくまで主人に対してであり、お金の流れも義父から主人になっています。

購入したとき、「私」名義にしていますね。これを主人名義にするということは、私と主人で売買したことになります。
その売買は、配偶者間の売買ですから、住宅資金の贈与の特例の適用除外規定にあたり、義父からの贈与を特例を使うことができません。

最初から、私と主人の共有にし、代金は、義父からの贈与の分と私の分を合わせて、相手先に払っていたら特例の対象ですが、一旦、私が相手先に全額支払ってしまうと、後から、義父からの贈与があったので、資金を渡すのはダメで適用できません。

少なくとも、相手先に支払う前に義父からの贈与がなくてはダメで、払った後の贈与は対象外です。
例えば、相手先に支払ったのが6月1日ならば、義父からの贈与は6月1日まででなければならず、6月2日以降の贈与は、特例の対象になりません。

もし、義父からの贈与が売買の前で、相手先に私の資金と共に義父からの贈与された資金を渡していれば、共有登記が正しいですから「真正なる登記名義の回復」という登記という手があります。