自宅庭に祖父母の住む離れを建てます

我が家の庭に祖父母の住む離れを建てる予定です。建築上、祖父母名義にする事は無理との事で主人が契約者で離れを建てるという形になりました。
今月末に1回目の支払いがあるのですが、工務店さんから契約者からの支払いと言われており、祖父母からお金を預かって支払いするのですが、贈与税にあたりますか？

登記名義と支払者が違う場合には、贈与そのものです。
対象になります。
遠方なので、銀行振込みをする予定です。

祖父母が自分達の家を自分達で支払うので、少しでも節税できないかお伺いしたいです。

できません。
父親も一緒に離れに住むので、父親で何かできる事があれば教えて頂きたいです。

何もできないと考えます。

登記名義を支払う人にしてください。

あなたの名前にしないと、工務店が家を建ててくれないということだと思います。おじいさんが出してくれるお金を全部あなたの借入金にして、いったん家を建てて、あなたの名義にして、完成したら、同額でおじいさんに売って、おじいさんの名義にすればいいです。支払は、おじいさんから借りたお金と相殺にすればいいです。すこしお金がかかると思いますが、贈与のときの税金と比べてみてください。

選択肢として、相続時精算課税制度を利用することも考えられます。

１つの敷地に独立した家を2軒建てられないという

建築法令の規制があります。

そちらの制限かもしれません。確認してうまく対処してください。