負担付贈与について、誰に相談すればようでしょうか？

負担付贈与においては、当該不動産の「時価」から住宅ローンの残債額を差し引いた額を「贈与価額」として「贈与税の申告」を贈与を受けた者が行うことになります。
贈与税の申告書が提出された税務署において、申告された内容が“負担付贈与であること”や“申告された不動産の時価が適正であるかどうか”が審査されることになります。
税務署においては、それらの審査に当たり、参考にする資料として、路線価(相続税、贈与税の土地の課税価格(時価の80%を目途に策定されています。))や売買実例が活用されます。
確かに「時価」は算定方法やそこに用いられる資料により、その結果に幅が出る(異なる結果となる)ことが多いです。
ただ、上述したとおり、今回のケースでは、税務署の審査を通ればよい訳ですので、不動産鑑定士の鑑定評価などの精度まで求めているものではないと考えます。
資産税(相続税、贈与税)を得意とする税理士に相談して、路線価や売買実例等から時価をアプローチしてもらう等、アドバイスをいただくのがよろしいかと存じます。