賃貸店舗及び賃貸アパート付き自宅建物の相続について

相続に絡むご質問とは思いますが、ご質問の本文は税法上の問題ではないと思います。
1棟の建物は基本的に後者のように共有でなければ所有権登記ができないと思います。但し、あくまで1棟の建物に対しての所有権の持分なので、アパートと自宅の面積部分は弟、店舗の面積部分は兄ということにはなりません。
相続時に1棟の建物であれば、共有持分でしか登記できません。
前者のように登記しようとすると、分譲マンションのように区分所有法に基づく登記が必要と思いますが、1棟の建物を区分所有建物として登記できるのかどうかは税理士の専門外のためわかりません。
所有権登記については税理士ではなく司法書士の専門となりますので、司法書士にご相談ください。

早急に返信していただきありがとうございます。
司法書士さんの専門分野とのこと。
承知いたしました。
ありがとうございます。