共同相続人の名義預金

まず、名義預金と分かっているならば、申告に含めてください。

相続税はすべての相続財産を法定相続人で仮に法定相続分で分割した場合の相続税総額を実際の分割割合であん分して算出します。

したがってすべての相続財産額、名義預金の額、法定相続人数、分割割合など全く不明ですので回答はできません。

なお、遺言書がないのであれば姪様は相続人（受遺者）ではないため、たとえ姪様名義の名義預金であっても、相続人で分割することになります。

父親の貸金庫内保管され、印鑑も父親が管理していました。2人が自分名義の物だと主張するので相続財産に含めることが困難です。このまま申告して、後日追徴課税された場合、原則的に名義預金取得者が追徴分を支払いするとネットで見ました。
しかし、孫は相続人ではないので、贈与税が賦課されると思います。追徴原因を作った当事者でない共同相続人にも追徴されますか

お父様の貸金庫内に保管されていたのであれば、典型的な名義預金であり、申告に含めるべきです。
申告漏れになった場合、相続税を再計算するわけですから、あなたの税額にも影響します。

なお、孫は相続人ではないので孫名義の預金であっても相続できず、相続人で分割することになりますから相続税の対象です。
さらに、もしも相続後に相続人が孫にその預金を渡せば贈与税の対象になります。