追徴課税だと相続税申告書は書き直す？

修正申告書を作成、提出し、納付書により納付します。
失礼ながら、相続税申告は所得税申告などとは異なり、相続税分野に強い税理士に依頼すべきです。
税理士の署名のない申告書は、それだけで税務調査の対象になるかもしれません。

このケースでは、「財産もれがあった場合の手続きの流れ」について回答します。
おおむね貴殿のご見解のとおりですが、ケース別で補足しておきます。
【スタート】
税務調査の種類でも、実際に調査官が相続人の家に行く実地調査、部分的に個別に指摘箇所を是正すべきという具体的内容の書面を通知することによる是正処理、全体的に○○の内容を見直して連絡をくださいという行政指導として取り扱うものがあると思います。
ご質問では、前者ですね。
【接触後】
財産について、追加すべきものや、計算を是正する必要なものをピックアップして、調査官から説明があると思います。
【修正申告】
内容に納得の場合、修正申告書をすべきです。
貴殿のケースでは、当初の遺産分割協議書で他の遺産は妻相続として確定しているようですので、遺産分割協議書を追加で作成する必要はないと考えられます。
申告用紙と納付書をもらい、当初申告と同様に記載していくと、差額の税額がわかりますので、これを納付書に記入して納付します。
本税（ここでは相続税修正申告の差額分の税額のこと）が納付されると延滞税の期間計算がストップしますから、その後に延滞税の通知（納付書同封）が届きます。
もちろん、加算税の通知書（納付書同封）も別に届きます。これらを納付したら終了です。
【更正】
是正点について見解の相違がある場合は、貴殿（妻）及び他の相続人は、修正申告に応じませんので、平行線状態の場合は、税務署が「更正通知書」を是正の必要とする相続人全員にそれぞれ通知します。これで、修正申告したのと同様の税額となっていると思います。
もちろん、納付書も同封されると思います。これで納得すれば納付。しなければ、別の手続きへ進みます。
【アドバイス】
申告もれの内容によっては、妻が財産と知っていながら申告していない財産がある場合、例えば、本当は被相続人が出捐している財産なのに親族名義となっていること等を理由に、除外して申告しているなど、不正な申告もれと認定された場合は、修正申告の際に「配偶者の税額軽減」が適用できない計算になります。これは不利です。
当初から、可能な限りの財産把握に努めましょう。

追伸、回答作成中に別の先生が回答されて、解決されているかもしれませんが、もったいないので、回答掲載しておきます。

こんにちは。
回答してくださりありがとうございました。追徴課税があった場合の流れが理解できました。認識している限りの全てのものを申告書に記載したいと思います。

ありがとうございました。

お役に立てたのであれば幸いです。