「相続税の配偶者控除」の適用要件に詳しい先生にご教示願います。

こんにちは。
相続税の配偶者控除について、期限後申告で適用することは可能です。
ただし、ご記載のように税務調査により更正決定があった場合は適用は困難と言えると思います。
したがって、すでに申告書を提出している場合でも、名義預金とみなされそうな財産は相続財産に含めたうえで、自主的に申告し直すことをお勧めいたします。
以上、ご参考になれば幸いです。

ご質問は、実例ではないとの事でよろしいですか？

記事① 当然あります。相続税の調査は、名義預金の申告漏れを目指してやってくると言っても過言ではありませんから！
記事② 正しいですが、この一文だけ抜き出すと、種々の誤解を招きそうです。

さて、本題のご質問ですが、まず、税務署の更正決定があった場合に、期限後申告を提出することはあり得ません。なぜなら、
・更正とは、納税者の申告または更正の請求を受けて、税務署が税額等を正しい額に訂正すること、
・決定とは、納税者が申告書を提出しない場合に、税務署が税額等を決めること、
ですので、納税者が、更正決定を受けた場合には、その後に、期限後申告書を含む一切の申告書を提出することはできません。

ご相談者様のご質問は、
・税務調査によって、妻名義の預金を被相続人の名義預金（=相続財産）と認定された場合に、期限後申告書を提出して、その名義預金を含んだところで配偶者の税額軽減を受けられるか、
でよろしいでしょうか。
その場合、期限後申告と言う事は、相続税の法定申告期限は過ぎているが、今のところ無申告になっている状態ということでよろしいですね。

申し訳ありませんが、連休で遠出しますので、ご回答は来週になるかもしれません。

配偶者の税額軽減の対象とならない財産は「仮想又は隠ぺい」されていた財産になります。
従って、「仮想又は隠ぺい」されていなかった財産であれば、修正申告又は期限後申告であっても配偶者の税額軽減の特例は適用可能です。
ご質問のケースのように「仮想又は隠ぺい」の事実がなく、単に認識誤りで申告漏れとなっていたような場合には、税務調査で指摘された場合であっても配偶者の税額軽減の特例は適用できます。

過去の相続税調査で同様のケースがありましたが、配偶者の税額軽減を適用して修正申告書を提出し受理されております。
以上、ご参考になれば幸いです。

相続税申告を税理士が付かず、本人が申告される際に問題とされることが多いでしょうか。

税理士の方が付けば、名義預金は主要論点ですので、ご本人、また、親族内での資金移動の有無、不安であれば、それぞれのすべての預金通帳を過去5年～10年分程度確認されることもよくありますので。

その過程で、仮装、隠ぺいといったことはほぼ無くなるでしょう。税務的なモラル、倫理的に余程の場合です。税理士の方が付けば、さすがにこれはあり得ない、といった歯止めは当然かかりますので、それが申告される方を守ることにもつながります。

税理士がついて、仮装、隠ぺいとなる事例は極めて限られた事例では無いかと思われます。

　経験から申し上げて、名義預金に認定されたからといって配偶者控除が否認されるということは、ほぼあり得ません。
　国税当局が名義預金を仮装・隠ぺいにあたると認定するには、相当悪質でないと出来ないからです。

ご質問内容の確認をさせていただいたにも関わらず、ご回答が遅れまして申し訳ございません。
また、ご相談者様の質問の真意を確認したところを評価していただいたのではと解釈しておりますが、ベストアンサーを賜りましたこと、大変光栄でございます。

①無申告の状態で、
②税務調査によって
③妻名義の預金を被相続人の名義預金（=相続財産）と認定された場合に、
④期限後申告書を提出して、
⑤その名義預金を含んだところで配偶者の税額軽減を受けられるか？

【ご回答】
法定申告期限後の税務調査によって認定された妻名義の名義預金については、
法律を厳密に適用した場合、
法定申告期限内の分割に当たらないため、
特例の適用はありません。
しかし、実務上は、申告時点で分割されていれば、期限後申告であっても、
特例の適用が認めれているようです。

分解して、解説いたします。
◆ご回答①＆④　
特例の要件は申告書提出であって、期限内申告書の提出ではございません。従って、期限内申告、期限後申告(調査の段階で無申告の場合のはこの申告書の提出となる)、修正申告のいずれかの申告書を提出すれば適用されます。相続税法第19条の2第3項

◆ご回答③
無申告の法定申告期限後の調査によって発覚した名義預金は、当然、法定申告期限までに分割がされていません。そして、特例の適用要件に、法定申告期限内に分割がされている財産であることとの要件(相続税法第19条の2第2項)が付されています。
従いまして、法律を厳密に適用すれば、この財産については特例の適用はございません。
しかし、実務上、申告時点で分割されていれば、特例適用が認める運用がされているようです。まず、否認されることはありません。
理由としては、この特例の趣旨が、
・そもそも配偶者の財産は夫婦で築いたものであり、50％は配偶者に権利がある
・残された配偶者の老後の生活資金の確保
の2点であり、2点とも、非課税とすることつき、社会の理解が十分に得られるものであるからと考えられます。

なお、修正申告につきましては、相続税法基本通達19の2-19に、修正申告については、新たに発覚した財産についても特例が受けられる旨、明記されています。

これで、ご質問の真意への回答になっておりますでしょうか。
ご不明点がございましたら、再度ご質問くださいませ。