遺産分割協議中に税務調査が入り終了したが、貴社への照会同様、税務署にも直接照会できるのか？

未分割による相続税申告を提出されたと推測します。
小規模宅地等の特例や配偶者の税額軽減は、未分割状態では適用出来ません。
しかし、
申告書の提出期限から3年以内に分割する旨の届出 を提出し、かつその期間内に分割協議が成立したら、更正の請求をすることができます。

上記は一般的な事案です。
ただ、ご質問者様の遺産分割協議中に税務調査が入り終了したとの背景はどの様な状態だったのか、私には謎です。

別府様　お返事ありがとうございました。ご推測通り、未分割で仮申告をし、その後に税務調査があり、調査官の代りに税理士が結果報告をしました。要約しますと、記１、申告漏れその他の財産が存在しないことを承認した、記２、事業用小規模宅地特例の適用を複数承認し還付金を給付する。ご指摘の通り、私にもこの一連の税務調査が「謎」なので、調査官に直接照会できないものか？　と考えた次第です。さらに私の疑問は、本申告では居住用小規模宅地特例も適用される可能性があると考えられ、先の投稿での質問１と２になりました。今後、特例適用等の本申告用の全遺産評価額を税理士に再計算してもらい、それをベースに全相続人が分割協議の締結をするのがベストと考えますが、よろしければ先の質問２について、ご回答をいただければ幸甚と存じます。

事業用小規模宅地特例の適用を複数承認し還付金を給付する
上記の内容は、未分割なのに更正的な税務署の結果が理解できません。
ご質問者様は
『調査の終了の際の手続に関する同意書』に印鑑をつき、
担当税理士を通じて税務署に提出されましたか？
提出されていらっしゃいましたら税理士に確認するしかございません。
提出していなければ相続人として調査官にご確認する権利があると考えます。
ただ、全容が見えていませんので、ご質問者様に追加の前提事項を新たに示されますと、回答させていただきました内容は大きく変わる可能性があります。

ご回答ありがとうございました。『調査の終了の際の手続に関する同意書』に押印し、還付金の振込先を明示するよう税理士の指示がありましたが、まだ提出していません。この時期、すべて保留中です。