同一の株主による2法人における株式譲渡に関して

そもそもこういった場合取引として問題がないのかご意見頂戴できますと幸いです。

→ご記載のようなスキームを禁ずる法令はないと思います。

他に株主もいないため、譲渡価格も株主Aが決めれるため、

→税法上問題になるのは譲渡価格です。個人が同族関係者（株式会社C）に売却するのですから、株主Aが恣意的に価格を決めることは出来ません。仮に株主Aが決めた価格が以下に記載の価額と乖離すれば、以下に記載した価額によって譲渡されたものとして税務上は処理します。
以下、譲渡対価が現金という前提です。
財産評価基本通達の「取引相場のない株式等の評価」の規定に基づいて評価した価額で売買する必要があります。売却益（譲渡所得）が生じるかどうかは株式会社Bのこの評価による株価によります。

前田様

お忙しい中的確なご回答ありがとうございます。
譲渡価格ですが、純資産+営業利益1-3年分　でしたら取引事例が同業界で複数あるのですが、それに基づく価格設定であれば問題なく成立する可能性が高いでしょうか？

財務内容も損益状況も違うでしょうから単に同じ業界の事例では問題があるというよりダメでしょう。
因みにご記載の純資産＋営業利益1-3年分というのは、純然たる第三者へのＭ＆Ａによる売却価額の一般的な考え方で、同族関係者間の取引価格ではありません。
当初の回答の通り、財産評価基本通達に基づく株価でなければ適正な価額とは認められないと思います。