税務調査における対象期間について

税務代理権限証書の「調査の通知に関する同意」の欄にチェックされてませんか？
その場合、税務署は事前通知をその税務代理人に対して行えば足りますので、特に問題はないように思います。

国税通則法　第七十四条の九第5項
納税義務者について税務代理人がある場合において、当該納税義務者の同意がある場合として財務省令で定める場合に該当するときは、当該納税義務者への第一項の規定による通知は、当該税務代理人に対してすれば足りる。

ご回答ありがとうございます。確かに税務代理権限証書の「調査の通知に関する同意」の欄に✔は確認できました。ですが、事務運営指針第２章２（１）注１にその旨が確かに書かれていますが、事務運営指針の第２章３（２）にははっきりと「(2)　通知事項以外の事項についての調　納税義務者に対する実地の調査において、納税義務者に対し、通知した事項（上記2(3)注2に規定する場合における通知事項を含む。)以外の事項について非違が疑われた場合には、納税義務者に対し調査対象に追加する税目、期間等を説明し理解と協力を得た上で、調査対象に追加する事項についての質問検査等を行う。」と記載されており、納税義務者に対する通知する必要があると強調されていると思います。なので、税務代理人のみへの通知では、不適当と考えていますが、いかがでしょうか？
こちらとしては、勝手に顧問税理士と税務署が話をして、調査の期間が延長され、資料も色々と持っていかれましたので、すこし納得いかない感じがします。

事務運営指針はあくまで指針で法律ではないですからね…
税理士に伝えて、税理士からご相談者様に伝わっているなら、そんな問題視することでもないと思います。
納得いかないのでしたら、税務署の総務課に相談してみてください。
ただお勧めはしません。調査官も人なので、そんなところで難癖つけて相手の闘志燃やしても、良い方向にはいかないのではないでしょうか。
調査期間が延長されたということは、ご相談者様の過去の申告等にそれ相応の不備があるのではないのですか？
下手に調査を長引かせるより、調査には協力していただいて、ある程度の落とし所で終わらせ、本来のお仕事に注力していただくのが、よろしいかと存じます。

ご回答ありがとうございます。おっしゃる通りですね。あくまで法律が優先されますし、調査に協力しようと思います。（なお、やましいことの説明があまりなかったので、なんでだろうと思ってご質問させていただいた次第です。）ご丁寧なご回答に感謝申し上げます。ありがとうございました。