税務署の税務調査と税関の事後調査について

このケースでは、税務署による法人税等の税務調査において、同時に、税関に関しての誤りが同時に判明した場合の処理は、どちらも、いずれにせよ直さなければならないと考えるべきです。
・では、いつ直すのか？という事になると、税関分の消費税（費用）がかかると会社の負担が増えます。これを考えてのご質問だと思いますが、この費用は、一方で、税務調査の調査額は減りますから、会社としては、各決算期に対応する期間損益として追認してもらう方が得でしょう（内容によっては、調査対象外となる進行期で経理処理すべきというものも考えられます）。
・増額されるものに引き算できるものがあれば、増額される所得金額は減るので、結果として加算税や延滞税も緩和されるというものです。進行期で処理するよりは、同時処理したいほうが一般的です。
・つまり、現在の貴殿の顧問税理士も調査立会されるいと思いますが、税務署の調査担当者とよく話し合って、どのように直すのが一番良い方法なのかを決めるということになります。
・あくまで一般例回答ですので貴殿の実情に応じた見解を顧問税理士さんと導き出してください。

ご回答ありがとうございます。調査の段階で確認してみます。

少しでも参考になったのであれば幸いです。