ボックスの郵送買取で仕入れの領収書が残っていない時の金額の算出

結論から申し上げますと、必ずしも「売却額の5%」で計算する必要はございません。

購入時のレシートがない場合でも、5%基準（概算取得費）の適用はあくまで最終手段で、クレジットカードの支払明細、銀行の引落履歴、電子決済の履歴、通販の購入完了メールなども証明資料となります。

また、ポケモンカードのBOXには明確な定価（約6000円）が存在するとの事ですので、
「いつ・どこで・いくらで買ったか」をまとめた事実記録（メモやエクセル等）を作成し、その他の状況証拠と併せて客観的に主張することで、実際の購入代金を経費（取得費）として認められる余地は十分にあるかと存じます。

回答は以上となります。
ご参考になりましたら幸いです。

能登路哲也様コメントありがとうございます。
その場合、
A店購入、→売却のような形でノートを作成すれば効力を持つ可能性が高いと考えてもよろしいでしょうか？
それでしたらほぼ全て記入自体は出来るのですが、それで財務省の方は納得するのでしょうか？
ご回答の方をよろしくお願いします。