税務調査について

当然に、個人事業主の取引と疑われ、質問されると思います。説明資料が必要と思います。

税務調査において、配偶者の預金口座も確認させて下さい、という事は、よくあります。

事業以外の入出金は、説明されたら良いと考えます。

税務調査に関する規定を定めた「国税通則法第74条の2」には、次のように書かれています。
「国税庁、国税局若しくは税務署又は税関の当該職員は、所得税、法人税又は消費税に関する調査について必要があるときは、次の各号に掲げる調査の区分に応じ、当該各号に定める者に質問し、その者の事業に関する帳簿書類その他の物件を検査し、又は当該物件の提示若しくは提出を求めることができる。」

つまり、「その者の事業に関する」帳簿書類等が質問検査の対象になります。従って、事業に関係のない家族（奥様）の口座は見せる必要はありません。法律で決められています。

ただし、家族名義の預金について事業関連性が疑われる場合には、調査官はその理由を述べて家族名義の通帳等の提示をお願いすることができることになっています。
下記サイトの「問７」を御参照ください。
https://www.nta.go.jp/information/other/data/h24/nozeikankyo/ippan02.htm
（法人税の内容で書かれていますが、所得税の調査でも同じ取扱いになります。）

理由もなく「奥さんの通帳を見せてください」というのは質問検査権の範疇を超えた要請になりますので、断って問題ありません。もし、そのような展開になった場合には事業関連性の具体的な説明があるかどうかを確認してご対応ください。
「見てみないと分からないので見せてください」というのがよくあるパターンですが、これは説明になっていませんので断ることができます。

無用なトラブルを避け、説明した方がお互いにスッキリすると思います。