青色申告の取り消しについて質問です。

青色申告の取り消しはご指摘のとおり簡単にはできません。
抜け落ちや紛失が注意はしていたけれども発生したものであり
今後そういったことがないような対策がなされるのであれば心配はありません。
数年前に私の関与先に違法な無予告の税務調査が実施され、その非常識な対応に正当な抗議をしましたら、青色申告を取り消すと調査官から脅されましたが結局、調査結果は是認で青色申告を取り消されることはありませんでした（違法税務調査をしたすべての担当者は左遷に近い異動がありました）。
青色申告を取り消すには相当の理由が必要です。

お返事ありがとうございます。先日二回目の調査がありました。調査官からは青申取消の話はなく重加算税もするつもりはないとおっしゃいました。
しかし調書の作文が終わったあと署長の判断なのでなんとも言えないとの事でした。まだ結果がでていませんがやはり不安です。署長決裁で重加算税もあり得るのでしょうか？

重加算税は「仮装・隠ぺい」すなわち事実を偽った、事実を隠した等の悪質性がなければ基本的に課すことはできません。
何か税務署から文書に署名押印を求められましたか？

当日調査官が文書を作成し内容確認した結果、仮装隠蔽など故意に事実を隠した等の内容でなかったので納得して押印しました。
しかし最終的には署長決裁なのでと言われたので不安です。

今後は税務署から提示された文書には内容はともかく署名押印はしない方がよいです。税務署が提示した文書は税務署にとって都合が良いようになっています（自分が作った文書で自分が不利になるようなことを書く人組織なんてありませんから）。
税金を徴収する仕事は古代中国では今でいうヤクザにさせていました。ですからルーツはそうであるという事実はしっかり踏まえて下さい！

知識不足でした。もう遅いかもしれませんが気をつけたいと思います。
当日は税理士も立ち会いがあり文書の確認もあったので大丈夫かなと思ってしまいました。

今回は大丈夫であったとしても今後は安易な署名押印は避けるべきかと思います。安易な署名押印でひどい目にあった方がたくさんおられます。税務署が求める署名押印は正直任意です。今後求められたときはあえて強制か任意かを調査官に問い、任意と言いますので任意なのであれば・・・とされる方が良いかと思います。

勉強不足でした。今後からは気をつけて押印するかどうか決めたいと思います。ありがとうございました。