税務調査で3年分の資料を預けています

確定申告書を提出した後で､税額を少なく申告していたことに気付いたときは､修正申告ができます。ですから、税務署調査官の指摘を受ける前に修正申告をすることは可能です。
ただし、税務署の調査を受けた後で修正申告をした場合には、自主的な修正申告との取扱いにはならず新たに納めることになった税額のほかに､その税額の10％（場合によって15％）の過少申告加算税又は35％（場合によって40％）の重加算税がかかることがあります。
なお、ご質問の内容では、3年分の税務署調査官からの指摘事項が分かっていない段階のように思いますが、雑収入計上漏れ以外に要修正事項があるのに、雑収入の計上漏れだけを修正申告しても後で、再修正申告の必要が生じることもありますので、調査官の要請を待ってみたらどうでしょうか。
つまり、今修正申告をすると間違いなく調査期間は延長されるなど、得策ではないと思います。

調査期間が延長とは5年分になるということでしょうか？

法令上、申告漏れの内容によっては調査期間は最長７年まで延長されます。
仮に、雑収入の計上漏れを調査官が把握してなかった場合、自主修正することで、3年分より前の年分も申告漏れがあることを知らしめることになるということです。

　修正申告すること自体は可能です。　
　しかし、調査の途中段階で修正申告することに、特にメリットは感じません。調査終了後に再修正を求められることもありえますし、逆に調査が長引くことも考えられます。むしろ、調査の早期終了に向けて調査官に協力していく、あるいはその旨を伝える方がよいように思えます。

ありがとうございます。
このままで様子をみようと思います。