退職した後に会社負担だった社宅に係る税金を請求された場合について

家賃のうち、本人負担適正額と、実際に負担していた金額との差額が生じた場合、現物給与として、差額分に対する所得税が課税されることになります。
会社側は、これを怠っていたということで調査において追徴課税を受けたと推認されますね。
役員に対して借り上げた住宅を貸与した場合の本人負担適正額は、月額家賃の2分の1となります。
よって、会社が支出した月額家賃が36万円ですから、本人負担相当額は18万円となります。
毎月この金額が源泉税課税対象から漏れていた計算になります。
1年間の合計は、２１６万円となりますが、2年間では４３２万円に対する徴収漏れとなりますね。
最終的に１年間の給与収入が、2,000万円以上となれば年末調整を行えませんので、これに対し、とりあえずの源泉税の追徴課税を行い、改めて確定申告によって精算が必要となると考えられます。
最終的に１年間の課税所得金額が900万円以上のとき、33％の税率適用となり、同じく1,800万円以上で40％の税率適用となるでしょう。
従いまして税額は、本税のみで約140万円～170万円と推認されます。
なお、当該建物や敷地の固定資産税の課税標準が高い地域ということになれば、負担適正額が、18万円を超えることもあり得ますから、ご留意ください。
このほか加算税、延滞税等が最大約40万円程必要となると思われますが、これらのペナルティは、会社負担とするのが一般的と推認されます。
詳しくは、国税庁ＨＰに公開されている「源泉のあらまし」（冊子をＰＤＦ形式でＵＰしています。）のＰ３３～Ｐ３５にかけてご確認できます。
ご参考になれば幸いです。

国に支払う税金は納めようと思いますが、会社が支払うべき税金はこちらで支払うつもりはありませんので弁護士に相談してみようと思います。
まずはどの程度の納税が必要か目安が分かりとても助かりました。
大変丁寧でわかりやすい解説をありがとう御座いました！

お役に立てたのであれば、光栄です。