税務調査の範囲について

税務調査では、公益法人であり、収益事業ではない場合でも経費の領収書とかは全て確認されるのですか？また、帳簿や領収書自体に疑わしければ半面調査などが行われるのですか？


全て確認します。全て行われます。
公益法人で経理部門を行っているのですが、もし、帳簿や領収書加筆などの問題が税務調査で発覚した場合、どのようなペナルティーがありますか？


書類にの加筆などは、税務調査の問題以外に、私文書偽造罪です。
犯罪になり可能性があります。

そのことにより、貴社の書類自体が、不誠実に作成されている疑いが強まるでしょう。
税務調査の問題は、ほとんどの場合に、税金の問題だけですが・・・。
良くないことには、加担しないようにお願いします。

回答します。
　公益法人などであっても原則全体（収益事業・収益事業外）が調査の対象となります。
　一般的に税務署の法人調査の場合、法人税の他に消費税、源泉所得税も調査の範疇に含まれますので、非収益事業以外とした益金や損金が、収益事業にかかるものであるとの認定を受けたり、非収益事業の経費に「給与課税」が必要であるもの課税が漏れていた場合等は、修正申告や追加納付の可能性は生じます。
　なお、反面調査（取引先や銀行）も状況によっては行います。
　ただし、求められる資料を適宜提出開示している場合には、反面調査の可能性は低くなります。

　誤り等が判明した場合は、法人税等の本税の追徴以外にペナルティーとして、加算税・延滞税などかかる場合があります。
　延滞税は遅延利息的なものとなります。
　領収証の「加筆」が、単に取引内容をメモした場合等は問題ないでしょうが、取引内容の改ざんなどの仮装隠蔽に該当する場合には、加算税が原則１０％の過少（不納付）申告加算税ではなく、３５％などのような重加算税がかかります。（無申告の場合は、15％、40％）

　その他、追加税額が多額の場合や内容が悪質であった場合等は「刑事責任」を追及し告発されます。（査察事案などが有名です）
　
　法人税の加算税の関する考え方が記載された「事務運営指針」を参考までに添付します。
　「過少申告加算税」
　https://www.nta.go.jp/law/jimu-unei/hojin/100703_01/00.htm
「重加算税」
　https://www.nta.go.jp/law/jimu-unei/hojin/100703_02/00.htm

　

領収証の「加筆」が、単に取引内容をメモした場合等は問題ないでしょうが、取引内容の改ざんなどの仮装隠蔽に該当する場合


ずいぶん昔に友人が但し書きを書き加えたのですが、脱税の悪意がない場合でも仮想隠蔽に見なされてしまうんでしょうか？

100％米満先生の、文章を読み、しっかりと考えてください。
これ以上のない回答です。
悪意があるないで、考えるのは、やめましょう。
よろしく理解するようお願いします。

　竹中先生、コメントをありがとうございます。

　それでは回答いたします。
　領収証などの記載内容には、その発行する者によって内容が不十分だったりすることがあります。

　例えば、但し書きに「パソコン代等」と記載されていた時、そのパソコンが何台であったのか、インクなどの消耗品が含まれているのか不明なため、
その但し書きに、パソコン1台〇〇〇円、インク〇〇円と記載（追記）することは、決して改ざんにはあたりません。
　不十分な記載内容を補足しただけになります。
　もちろん、領収証の他にレシートなどを添付されれば正確性を担保することができますので、明細者等が別途あれば領収証と一緒に保管されるとよろしいかと思います。

　しかしこれが、「但書」に記載が無かった場合や「但し品代」と記載されている領収証に、本来仕事とは関係のない費用で損金（税法上の費用）に該当しないにも関わらず、あたかも仕事に関連する費用の支出のように記載し経費に計上したならば、それは取引内容を「仮装」したことになります。
　税務署に対してだけではなく、部内（会社内部）に対しても虚偽の支出（報告）をさせたことになりかねません。

　因みに20年ぐらい前には「悪意等の意志」が重加算税の判定の重要なポイントでしたが、現在は客観的な事実を持って重加算税を賦課するかしないかが決まることになります。

竹中先生、米森先生、コメントありがとうございました！

ベストアンサーをありがとうございます。
　経理にはその計上方法など、色々迷われることもあると思いますがご不明なことがあれば、「みんなの税務相談」を今後もご活用ください。