役員の横領について

税務調査が行われる旨の連絡が入った後に提出した修正申告は、先ず、過少申告加算税（10％）が課されます。
重加算税が課されるか否かは、役員の会社内での立場や隠ぺいが会社ぐるみなのかなど、考慮すべき点があるため一概には言えません。

税務署より既に調査通知があったのであれば、重加算税の対象とはなり得ます、

次に、特定の役員の横領が納税者（会社）としての仮装・隠蔽に当たるかどうかですが、役員の場合には、納税者（会社の行為と）と同一視される場合が多いと思います、

会社としても、役員を横領で告発するなど法的措置を取って、同一視されない為の努力はされた方が良いかと思います（重加算税が免れるかどうかはわかりませんが）

税務調査の連絡があったうえで、修正申告を行い納税する場合には、過少申告加算税が課されます。
https://www.nta.go.jp/publication/pamph/sonota/kasan.pdf

また、一般的に、役員の方の横領であった場合、その横領をどのような事実認定を行うかという点については、争いがあるものと考えられます。
つまり、①不成行為を行ったものに対する給与と認定されるもの、②不正行為を行ったものに対する貸付金と認定されるもの、③不正行為を行ったものに対する損害賠償請求権の取得とされるものです。
この3点の事実認定により、所得に対する影響は大きく異なることとなります。
そのため、事実認定の結果として、重加算税の取り扱いも異なることとなるものと考えられます。そのため、今後の対応については、慎重な検討を重ねたうえで税務当局との交渉プランを作成することをお勧めします。
https://www.nta.go.jp/law/jimu-unei/hojin/100703_02/00.htm