社員の横領発覚の場合

横領されたものが会社ではどのような会計処理をされていたのでしょうか。
架空の請求書や領収書等で損金処理していた場合には、重加算税の対象になる可能性もあります。
具体的にどのような処理だったのかお知らせ頂けたら幸いです。
宜しくお願いします。

服部先生、ご回答ありがとうございます。

横領による特別損失/長期貸付金

だと思います。

社内の管理体制・仕組みが不十分なため起きた横領に対しては損金処理は認められず、利益とみなされ、重加算税になる、と指摘を受けた様です。

ご連絡ありがとうございます。

まず、会計処理につきまして、貸付金は資産（借方勘定）になりますので、
「特別損失／長期貸付金」という処理にはならないと思われますが、いかがでしょうか。

社員の横領に関して、
① 横領された金額が経費となっていて、その結果、会社の決算利益が少なくなっていた、のか
② 横領された事実が発覚したが、会社では気が付かずに経理処理には反映されていなかった、のか、
どちらなのかによって考え方と処理の方法が異なってきます。
上記の①の場合には修正申告という問題になりますが、②の場合には経費処理をしていない訳ですから修正申告には発展しないものになります。

また、「社内の管理体制・仕組みが不十分なため・・・重加算税になる」という指摘はいかがかと思います。
重加算税は「事実の隠ぺい・仮装」をして納めるべき税金を免れている場合に課されるものになります。社内の管理体制や仕組みを理由に課されるものではないと考えます。

以上、ご参考になれば幸いです。