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源泉徴収票の記載内容について

お世話になっております。
標題の件、法定調書合計表の作成業務を行っているのですが、
以下源泉データは、そのまま使用して問題ないでしょうか。

<状況>
源泉上、「支払金額がマイナス(仮-5万)」、「源泉徴収税額がある(仮5千円)」

弊社では、欠勤の控除は翌月給与処理です。
該当社員は、入社3ヶ月で退職したのですが、
1ヶ月目の給与は、通常支給、源泉控除も行っています。
2ヶ月目の給与は、前月の欠勤控除が反映され、課税支給額がマイナスとなりました。

結果、欠勤ばかりで、1ヶ月目に支給した課税支給よりも、欠勤控除金額が大きくなり、
源泉を作成すると、「支払金額がマイナス(仮-5万)」、「源泉徴収税額がある(仮5千円)」状況となっています。

その場合、法定調書合計表では、
「支払金額がゼロ円」、「源泉徴収税額がある(仮5千円)」に修正して提出することになりますでしょうか。

源泉徴収した金額がある以上、法定調書合計表に含めないわけにはいかないと思っておりますが、
「支払金額がマイナス(仮-5万)」というのも、存在しない数字にはなるため、
「マイナス」=「ゼロ円」で提出するほかないかと思っています。

大変恐れ入りますが何卒ご指導いただきくお願い申し上げます。

税理士の回答

源泉徴収票の支払金額マイナスは実務上発行可能で、法定調書合計表もマイナス記載または0修正が適切です。

源泉徴収税額5千円あるため、法定調書提出必須で、税務署はマイナス実態を了承します。

結論としてそのまま使用可(マイナス記載)
源泉徴収票
支払金額マイナス記載で発行可。所得税法226条「支払の確定した給与等」には実態(欠勤控除反映後)通りに記載(総務実務Q&A事例多数)。退職者に交付し、確定申告で使用可(過源泉還付可能)。

法定調書合計表(375号)
支払金額:マイナス記載可(または0円修正、国税庁パンフ「法定調書合計表の書き方」差引超過時は0例)。源泉税額:5千円そのまま。

源泉税額あるため提出必須(No.2600「源泉徴収票の提出対象」)。マイナスは「不存在数字」非該当。

実務対応
源泉徴収票:マイナス記載発行(摘要に「欠勤控除反映」)。
法定調書:A欄支払金額「-50,000円」または「0円」、源泉税額「5,000円」(合計表集計影響小)。
納付済源泉税:退職者還付希望時は本人申告待ち。誤納還付請求可(源泉所得税誤納額還付請求書)。
リスク:なし(欠勤控除翌月処理標準)。
国税庁「年末調整・源泉徴収票の手引き」・実務事例準拠。ご不安なら税務署事前相談を。

本投稿は、2026年01月27日 11時45分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。

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