給与2,000万円以上の役員等の扶養控除等申告書が必要か

回答します。

＞年末調整が生じる事はなくても扶養控除等申告書を提出してもらう（記載してもらい回収する）必要がありますか？
　⇒　他の給与支払者に「扶養控除申告書」の提出をしていない場合は、提出をしてもらってください。
　　　提出がない場合は「乙欄」課税になります。

　＞たとえ本人が確定申告していて正しい税金を納めていたとしても、提出がないので乙欄が正しいから税率差異の分が追徴課税といった風に税務調査で指摘される可能性はありますか
　　⇒　確定申告と源泉徴収（義務）は法律上別の立て付けとなっていますので、確定申告がされていたとしても正しい源泉徴収をすべきとして、指摘（追徴）される可能性はあります。

＞年末調整がないからと乙欄と指摘される可能性はありますか
　⇒　「年末調整がない」というよりも「扶養控除申告書の提出がない」として乙欄課税として追徴課税の対象となる可能性があります。

　なお、調査官次第（指導事項とするか否か）とも言えるため「可能性がある」としましたが、法令上は「対象となる」が正しい回答になります。
　※　確定申告をしていたとしても正しい源泉徴収税額で「追徴」となったケースがあります。

提出してもらう必要があります。扶養控除等申告書は年末調整のための書類ではなく、毎月の給与から甲欄 (低い方の税額表) で源泉徴収するための書類だからです。

法律上は、給与をもらう人がその年最初の給与日の前日までに提出するものとされていて、年収2,000万円超で年末調整の対象外になる人も除かれていません。甲欄を使えるのは申告書を提出した人への給与に限られ、提出がなければ乙欄で徴収するのが正しい扱いになります。

提出がないまま甲欄で徴収していた場合、源泉徴収の不足分は会社 (源泉徴収義務者) から徴収されるのが建前なので、本人が確定申告で正しく納めていても、税務調査で乙欄との差額を指摘される可能性はあります。

2,000万円未満の人については、年内に申告書が提出されていれば甲欄でよく、年末調整をしなかったこと自体で乙欄になることはありません。そもそも年内に提出がなければ最初から乙欄が正しい扱いです。なお、申告書を提出している人の年末調整は会社の義務なので、提出が遅れただけなら受け取った時点で年末調整をしておくのが筋です。