源泉所得税漏れについて

このような場合、従業員へこの件を説明をして本来天引きされている額を徴収するのでしょうか？
それとも、こちらのミスで起きてしまった事なので
こちらで負担するのでしょうか？

　源泉徴収すべき金額を事業主が負担すると、その経済的利益分の
給与を支払ったことになってしまいます。
　通常は、従業員に説明して負担して頂くことになります。
　
また、源泉徴収に関する従業員へお渡しする書類等は何が必要でしょうか？

　個人の給与所得は1月から12月までの暦年で計算しますので、12月までの分について、源泉徴収票を発行することになります。
　通常年末調整をして、源泉徴収票を発行しますが、失念されていたとの事なので、年末調整未済として発行することになるでしょう。
　
会計ソフトへ記入する際、実際に支払った日付で記入するのでしょうか？
それとも、12月分は翌年度になるのでしょうか？

　源泉所得税を納付されたときに
　預り金（源泉所得税）　/　現金
として預り金のマイナスとしておいて
従業員さんに源泉所得税のお金を頂いたときに
　現金　　/　預り金（源泉所得税）
として預り金を消去してはと考えます。
　
それに伴い、確定申告の内容も変わるのでしょうか？

　支払ったときに預り金のマイナスとなり、本年に入っての仕訳ですから、前年の修正は必要ないでしょう。
　（修正申告は、繰越損失額や納税額に変更がないときにはできません）

実際の仕訳もどのようにしたらいいのでしょうか？

　上記の内容でよいと思います。
　ちなみに、源泉徴収の方法には、今質問者様がされている毎月納付する方法のほかに7月と1月に半年分まとめて納める納期の特例という方法があります。
　従業員が10名まででしたら納期の特例を使う事もご一考下さい。

ご回答ありがとうございます！
非常に分かりやすく、初心者の私でも内容を理解する事が出来ました。ありがとうございます。
また、納付についてもそちらの内容で進めて行きたいと思います。