個人事業主として副業をしている場合の年末調整について

　回答します
　
　　個人事業所得等があり確定申告をする人であっても、年末調整をする事になりますので。年末調整において求められている関連項目は入力（記載）する必要があります。

　　freeeの入力方法や項目については確認をしたことがないため不明ですが、おそらく、、今回貴方の現職以外の収入（所得）の記載を必要とする書類（作成する書類）は、「基礎控除申告書」及び「配偶者控除等申告書」と考えられます。
　　基礎控除や配偶者（特別）控除は、年末調整を行う本人の合計所得金額によって、控除額が変わるため入力を求めているのだと考えれます。

ご回答ありがとうございます。
控除額が変わるために入力が必要　とのこと承知いたしました！

重ねてのご質問で恐れ入りますが、
インターネット上で「副業がばれたくない人は年末調整の現職以外の収入は記入しない」と見て、
これは合計所得額が2,400万円以下であれば控除額が変わらないため、副業の収入をプラスしても2400万以下だったら記入しなくても問題ない
という認識だったのですが、そういう訳ではないのでしょうか？（もちろん確定申告は必須として・・・）

ご認識には間違いはありませんが、税理士の立場で税務書類に「記載すること」になっている事項を「記載しなくともよい」とお伝えすることはできません。