派遣社員　年末調整　個人事業主兼業

回答します

　年末調整は選択できる手続きではないため、給与所得に関して「年末調整の対象となる方」は、給与の支払者(派遣会社）の元で年末調整の手続きがされることになります。
　
　その上で、事業所得と併せて翌年確定申告により所得税の年税額を算出・納税等を行うことになります。

　まれに、年末調整の対象となる方にもかかわらず、されてない方も見受けられますが、それは正しい手続きではないため、ご了承ください。

　なお、年末調整時には「基礎控除申告書」に当該年末調整を行う給与以外の所得も記載する事になっています。
　このことを心配されているのだと思います。
　貴方の合計所得金額が2,400万円以下の場合は、基礎控除額に変更はないため、個人事業所得の所得金額を記載しなくとも、年末調整の金額は変わりません。
　しかし、税理士の立場として「記載すべきとなっている事項」を記載しなくともよい(問題ない）とは言えないことをご了承ください。

　前述のとおり、確定申告では、年末調整をした給与所得と事業所得を合わせて年税額を計算します。
　また、確定申告書の2枚目に「住民税」の徴収について「特別徴収」と「普通徴収」を選択できる箇所がありますので、普通徴収を選択されれば、派遣会社に事業所得の金額は通知されないと思われます。
　ただし、給与所得者は原則が「特別徴収」のため、「普通徴収」を選択しても市区町村によっては「特別徴収」となるケースがあります。
　念のためお住まいの市区町村にご確認されることをお勧めいたします。

回答ありがとうございます
自分で確定申告するので年末調整を会社でしないという選択もあるのですが、
こちらのほうが、副業がばれにくくなりますか？

＞自分で確定申告するので年末調整を会社でしないという選択もあるのですが
　⇒　「年末調整対象者」を年末調整しないことは間違った取扱いですので、聞かないかったことにします。
　　　ただし、「基礎控除申告書」を提出しない場合は、他の所得の記載がないことになりますので、会社には把握されないと思います。
　　※「基礎控除申告書」の提出なし＝基礎控除なし　の年末調整もあります。


＞副業がばれにくくくなりますか
　年末調整後の給与所得　+　副業の分の所得での確定申告　であっても
　年末調整未済の給与所得　+　副業分の所得でに確定申告　であっても
　前述のとおり、確定申告時に「普通徴収」を選択したときには、会社に把握されない可能性はあります。
　ただし、市区町村の取扱いとなりますので、ご確認ください。

わかりやすくありがとうございます！

少しでもお役に立てましたら幸いです。