年末調整で2箇所から提出を求められ…

片方(年収の少ない方)に提出したものを取り下げるねが正しい方法です。
2カ所以上から給与の支給を受ける場合は、必ず確定申告を行なってください。

取り下げることも難しそうなのですが、どうしたら良いでしょうか？

ご自身で確定申告を行い、そこで税金を精算すれば大丈夫です。