扶養の枠内から外れているのに所得証明の提出を求められることはありますか？

扶養控除(配偶者控除)が外れているのでしたら通常は税務署から調査依頼がくることは無いと思われます。
ご主人が年末調整時に誤って奥様を扶養に入れてしまっていたなどの理由が考えられますので、税務署からの調査依頼が来た理由を会社の担当者に聞いてもらってはいかがでしょうか

ご回答をいただきありがとうございました。
誤って扶養にいれて申告してしまった場合は扶養から外れている旨を口頭で伝えて修正申告をすれば問題ないですか？
私の所得を証明する書類はやっぱり必要なのでしょうか？

やはり扶養に入れて申告していて税務署から調査依頼がきたようです。
夫の源泉徴収票があるので3年分の修正申告をしたら問題ないでしょうか？
それとも会社に私の所得証明書を提出したほうがいいのでしょうか？
また3年分の差額税金には遅延税などが加算されるのでしょうか？
五月雨式に申し訳ございませんがご回答をお待ちしております。

修正申告ではなくて、ご主人の会社の方で給与から天引きして調整することになります。
会社側の実務としてはその分の控除を引いてご主人の所得税を計算するだけですので、奥様の所得証明書が無くても処理は可能です、証明書を出したくない旨を一度伝えてみてはいかがでしょうか
遅延税については、こういったケースの場合は加算されない方が多いです

ご回答をいただきありがとうございます。
大変わかりやすく助かりました。