年末調整について

収入の欄は引く前の金額そのものを、所得の金額欄は、給与所得であれば給与所得控除額を引いてください。
雑所得の金額（所得金額欄）は、必要経費を引いた金額です。

所得控除は考慮とません。

雑所得の欄に多めに見積もって40万円ほど記入しようと思うのですが、この後控除され、確定申告は不要となる流れでしょうか。

他の所得を書いてもらうのは、配偶者控除又は配偶者特別控除の本人所得要件の官人のため、基礎控除の本人所得の要件確認のためです。
年末調整自体は、給与のみで行います。

結局のところ、900万円を超える所得か、2400万円を超える所得かなどを確認するためで、900万円未満ならば影響を受けません。

確定申告が不要かどうかは、別に判断してください。会社は診断に関係しません。