6年前法人会社設立時に購入した車50万を減価償却せず経費として計上してしまいました

回答します。

　法人の場合、減価償却は決算で計上された以上の金額を「必要経費」にすることができないこととなっています。
　6年間の「減価償却費不足額」を計算したうえで、当期の「減価償却限度額」を計算し、超過している場合は修正申告が必要になると思われます。

ありがとうございます。経理に疎くすみません。
6年前の50万の経費は修正申告して、減価償却し直すという事でしょうか？

　　スミマセン。説明が分かり辛かったですね。
　　修正申告をしてから「減価償却をしなおす」のではなく、今回全額経費に計上し申告した分について「減価償却費の限度額」の計算をした上で、修正申告をすることになります。
　　今回の限度額の計算では「償却超過額」が生じますので修正申告をすることになります。

　　なお、以前既に申告した期の法人税の経費計上は認められません。
　　「減価償却費」を計上していなませんでした（減価償却の不足）が、その後の期間（耐用年数経過後の期間）で損金計上することになます。

　　※「6年間の減価償却不足額を計算したうえで」は余計な一言でした。紛らわしくして申し訳ございません。
　　
　　なお、決算上は既に経費化されていますので、今後の経費への計上は決算（仕訳）で行うのではなく、別表上の計算での経費（損金）計上となります。

　国税庁HPに掲載された、減価償却費のしかたのうち、超過額や不足額の説明がされた箇所を参考に添付します。
　15枚目（Ｐ５９）～超過額の説明がありますが、17枚目に図がありますので、イメージがつきやすいかと思います。
　参考にしてください。
https://www.nta.go.jp/about/organization/ntc/kohon/houjin/pdf/30/06.pdf

とてもご丁寧にありがとうございました。
ご回答もとても早くとても助かりました。

　　お役に立てましたら幸甚です。
　　もしも修正申告の別表の記載方法が分からない場合は、税務署の事前予約の上、税務署で修正申告書の作成指導を受け、作成　⇒　提出　されると楽だと思います。
　　また、その時に納付書も入手されるとよろしいかと思います。

ご丁寧にありがとうございました。