出張日当申請書に記載せずとも出張中の経費立替であれば現金小口から清算して問題ないか？

　　「出張日当申請書」などは、会社の出張費を正しく精算するために作成された、会社の任意の書式であると解します。
　　
　　従業員が立替えた費用の清算方法をどのようにするかは、会社の任意の方法になりますので、他の「立替金」の清算方法と同じであれば、「現金小口」らかの精算であっても特に問題はないと思います。
　会社内のルールに沿った方法であれば問題ないと思われます。

　ただし、あくまでも個人的な感想ですが、出張中の「立替」であれば、出張費の精算と一緒の方が良いように思います。