中古マンションの建物価格と減価償却費用について

ご質問の点に関しては、税法を一言でいうと「合理的に決めろ」ということになります。具体的には次の3通りとされています。一つめは土地価格を合理的に算出し、建物代は合計額から土地価格を控除する。二つめは建物価格を合理的に算出し土地代はその差額で。もう一つは双方を合理的に算出する、というものです。
ただし「合理的」とはいうものの、何が合理的なのかについての具体的な提示はありません。ちなみにご指摘のとおり固定資産税評価額はかなり低く出るため採用しないという選択は当然といえます。
結論的に言えば、税務職員に「どうやって建物の取得費を決めたのですか」と聞かれた際に、「こうやって決めました」と答えられる手法であれば、それが常識的に不合理でない限りは認められるはずです。
したがって「売主さんが新築購入時…」という手法は十分合理性がありますから、問題ないと思います。ただし「売主さんにお願いして…」については、売主さんの決め方の合理性の問題があります。
ちなみに私であればこうやると思います(あくまで考え方ですが)。まず現在のそのマンションの建築単価(１坪当たり100万円？)を考えます。そしてこれに購入マンションの面積（壁芯面積）を乗じて新築価格を算出します。次にそのマンションが50年（必ずしも法定耐用年に束縛されない）もつと考え、購入マンションが築20年であれば、新築価格に50分の30を乗じる、というわけです(ただし土地代とのあまりのアンバランスは不可です)。
いずれにしても「説明がつくような合理性さえ確保していれば、何でもあり」といえましょう。あまり難しく考えないことです。