専従者給与について

専従者給与はボーダーラインとしては月88000円に抑える良いでしょうか？

　⇒　専従者給与は、白色申告と青色申告によって定めが異なります。
　　　白色申告の場合は「配偶者86万円」（正しくは専従者控除）と決められており
　　　青色申告の場合は、「青色専従者給与の関する届出書」に記載された金額が上限となっています。※　労働の対価として相当であること
　　　なお、月88,000円は、給与から天引きする源泉所得税額が発生しない金額になります。

手渡しで給与を渡している場合、会計ソフトで毎月打ち込めばいいでしょうか？

　⇒　毎月支給した時に記帳（会計ソフトへの入力）をします。

確定申告事にまとめて報告したりするものでしょうか？

　⇒　申告時に控除額を青色決算書や収支内訳書に記載し、報告（申告）しますが、記帳上は支払った時に行います。
　　　届出があったとしても支払がない場合は、控除の対象にはなりません。

保育園の申請で、妻が働いてる証明など必要になった場合どうすればいいか分かりますでしようか？

　⇒　毎年1月31日までに前年分の給与に関して、市区町村に「給与支払報告書」を提出しますので、その報告内容に従って市区町村が「課税証明書」などを発行します。この課税証明が働いていることの証明になるとおもいます。
　　　ただし、保育園などでどのような書類が必要になるのかまでは、税理士には判断できません。
　　　どのようなものが必要であるか、保育園に前もってご確認ください。

　　青色専従者給与や専従者控除に関して、説明個所を国税庁HPから添付します。
　　https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2075.htm