土地を寄付した時の処理

法人が土地を宗教法人へ無償寄付した場合は以下の様な処理になると思います。
(寄付金)200万円　(土地-簿価)200万円

法人が、宗教法人に土地を無償譲渡した場合の税務上の考え方ですが、

会計上は
（寄付金）/（土地【簿価】）　×××
ですが

税務上は
（寄付金【時価】）／（土地【簿価】）×××
　　　　　　　　　　（益【時価と簿価との差額】）×××

となります（ご質問者様の認識の通りです）。

この売却益なり、受贈などの利益、土地の時価と簿価との差額は、寄付金課税の対象となり、申告書で調整することになります。

一般の宗教法人に贈与する場合、法人の損金に算入できるのは、仮に所得がゼロとした場合、資本金の0.625%つまり1000万円の資本金で6,250円しか損に入れられず、時価と簿価のほとんどは課税所得として税金がかかります。

なお、一般的に、土地の時価は固定資産税評価額より高いため、ご質問者様のケースですと400万円以上の寄付金加算額として所得が増えることになりますのでご注意ください。

追記
時価と簿価の差額の仕訳は、

（寄付金【費用】）/（何らかの益【利益】）×××

となり、一件、費用と収益が相殺されるため、利益（税務上の所得）は発生しないように思われますが、この寄付金である費用を何でもかんでも損金に落とすことは出来ないのであり、税務上認められる費用は限られています。

その結果、益のほうが大きくなり、課税所得が発生するという考え方です。

①税務は原則時価で取引を認識する
②何でもかんでも贈与（寄付）できなくて、そこには制限がかかる

というロジックになります、分かりにくくて恐縮です。