売上の支払いが請求書と違う人の場合の仕訳で困っています。

回答します

　E氏から入金されたとしても、あくまでも貴方が仕事を請け負ったのは、W社であり売上先はW社となりますので、次のような仕訳をされてはいかがでしょうか。
　請求書発行時
　　売掛金　/　売上　　
　　摘要　「W社（E氏宅工事）」
　入金時
　　現預金　/　売掛金　
　　摘要　「w社売掛金入金（E氏宅工事）E氏より直接入金」

　なお、E氏が「マージン」を取られるのが嫌だとしても、E氏とW社の契約に関しては、貴方としては間に立つことはできないと思われます。W社に対してはE氏から入金があった旨は伝える必要があるとは思いますが、「マージン分」は双方で話し合っていただいた方がよろしいかと思います。

早々の回答ありがとうございました。
具体的に仕訳まで書いてくださってありがとうございます。
今回のことはE氏とW社の間で合意されていたようで、W社がうちの請求書をそのまま渡したそうです。
W社にはうちからの請求額は帳簿には含まれていないことになるので架空請求になるのではないかとずーっと心配していましたが、上記の仕訳のように記帳します。
ありがとうございました。

　　少しでもお役に立てることが出来ましたら幸甚です。

　　W社としては、売上げと外注費が同額で計上することになるかも知れませんが、あくまでも貴方はW社から仕事を受注したので、「持続化給付金」の売上台帳との整合性は取れると思います。