課税売上について。

こんにちは、
２９年３月期は基準期間が課税売上１０００万円を超えているので課税事業者なので申告する、
で、３０年３月期については、（進行期は）、基準期間が課税売上が１０００万以下なので免税事業者になる、
という意味のご質問でしょうか？
ちょっとご質問内容が齟齬があり、意図がわかりかねていますが、
基準期間の課税売上によって、２期後の課税期間の納税義務が決まる、
基準期間が、免税事業者である課税期間は、税抜き経理を行うことは原則、できませんので、税込金額で課税売上は判断することになります。
仮に、２９年３月期が課税事業者であるという前提であれば、２９年３月期を基準期間とする、２期後の、３１年３月期についての納税義務は、基準期間が課税事業者ですので、税抜きで判断することができますので、１０４０万円が税込みであれば、税抜きの課税売上は１０００万に満たないことになると思います。
ご不明、齟齬がありましたら、再質問してください。
以上、取り急ぎ回答とさせていただきます。

お聞きして良かったです。ありがとうございました。