未払金の期末残高と貸方金額の差額について。

これは、毎年、明確にする事でしょうか？

→正確な決算をするにために、毎年、明確にすべき事です。

照合の仕方としては，カード明細と会計データの照合になりますか…

→決算日から申告まで2カ月ありますから、この2カ月の間に引き落とされる利用明細から、利用日が決算日以前のものを抽出すれば大半は期末未払金残高を把握できる筈です。

ご回答いただき、ありがとうございます。

昨日、担当者から『週明け迄にお願いします』と言われたのですが、時間的に出来なかった場合、何か問題はありますか？

どのような問題があるのか第三者にはわかりません。
依頼している税理士に聞いてください。

承知しました、ありがとうございます。