貸借対照法の修正について

貸借対照表の借入金がマイナスになることはありません。（借入金だけでなく元入金以外はマイナスになりませんが）
マイナスとなった原因がわからないと対応も回答できません。

銀行口座と連動した会計ソフトを使っており、銀行口座からそのまま自動的に引き落とされるようになっています。銀行から自動的に引き落とされた金額がそのまま借入金としてマイナス入力されたものとして考えられます。考えられる要因としては仕訳ミスか、ソフトを移行した際に連動しなかったかの2点です。特定の返済年度よりマイナス入力されているので、それが原因かどうか何とも言えません。

所得計算には影響がありませんが、間違いの原因を探してください、としか回答のしようがありません。