社宅制度について

従業員等に対して社宅を貸与する場合には、従業員等から一定額の家賃を徴収する必要があります。
一定額の家賃（月額）とは、次の(1)～(3)の合計額をいいます。
(1)　(その年度の建物の固定資産税の課税標準額)×0.2％
(2)　12円×(その建物の総床面積(平方メートル)／3.3(平方メートル))
(3)　(その年度の敷地の固定資産税の課税標準額)×0.22％

そのため、従業員に無償で貸与する場合には、上記の賃貸料相当額が給与として課税され、従業員から賃貸料相当額より低い家賃を受け取っている場合には、受け取っている家賃と賃貸料相当額との差額が、給与として課税されます。
しかし、使用人から受け取っている家賃が、賃貸料相当額の50％以上であれば、受け取っている家賃と賃貸料相当額との差額は、給与として課税されません。

例えば、賃貸料相当額が1万円の社宅を従業員に貸与する場合
(1)　無償で貸与する場合には、1万円が給与として課税されます。
(2)　従業員から3000円の家賃を受け取る場合には、賃貸料相当額である1万円と3000円との差額の7000円が給与として課税されます。
(3)　従業員から6000円の家賃を受け取る場合には、6000円は賃貸料相当額である1万円の50％以上ですので、賃貸料相当額である1万円と6000円との差額の4000円は給与として課税されません。

ご相談の内容では社員さんから徴収している賃貸料相当額がまちまちであるとのことですが、各人の徴収金額が上記算式で計算した額の50％を超えていれば、結果的には課税の問題は生じないことになります。
しかし、せっかくの社内規定が形骸化しているのは好ましいものではありません。上記の税務上の規定を一つの口実にして、改めて全員の賃貸料を統一してはいかがでしょうか。
ご参考になれば幸いです。

丁寧なご回答ありがとうございます。
社宅制度の運用が規定通り運用されていないので社宅制度自体が税務署にダメと言われて税金が課される可能性があるというような指摘を受けそれはまずいと思ったのですが大丈夫そうで良かったです。
ただ、社員によって負担割合が異なるのも不平等なので一度ちゃんと見直すよう提案してみます。