決算について

やはりペナルティは発生するものなのでしょうか。

期限後申告になります。
事前に遅延の申告をする等の対策はとれるものなのでしょうか。

とにかく、期限内に申告をどのような形であれすることです。
税理士との契約で、期限後申告のペナルティーを、こちらに責任がない時には、税理士が負うという条項を入れるべきでしょう。

　期限内申告目指し、目下追い込みと思います。ご安心を
　当事務所の会計ソフトは、「システムトラブルによる期限内申告が出来なくなることを回避するため、３日前までには完了しましょう！」のメッセージで煽り立てられます。

決算申告は「事業年度終了の翌日から２か月以内」が原則であり、この期限を過ぎて申告・納付すると、申告漏れ加算金や延滞税が発生する可能性があります。延滞税は納期限の翌日から自動的に計算されるため、事前に「遅れます」と届け出て免除される制度はありません。一方、税理士が作業中であっても、期限の延長申請（法人税の「申告期限延長の特例」）を事前に行っていれば、申告期限を１か月延ばすことができます。ただし、これは原則として事前届出が必要で、期限直前からの利用はできません。現時点では、できる限り早く決算書の確認と納税額の見積りを受け、概算で納付を済ませることで延滞税リスクを最小限に抑える対応が現実的です。

ご回答ありがとうございます。
初めての決算で不安があります。
税理士の先生には期限内に終わらせていただくようにしようと思います。