更生申告と当期首開始残高について

その通り。
更正請求して認められた後の正しい繰越額が、次の決算期のスタートの数字になるように、ソフトの次期繰越をかけると良いと思います。
修正申告（更正請求）データからの翌期繰越をして良いかの話だとして回答しています。
貴殿のご見解のとおり、期首で法人税申告上の欠損金が正しい数字になっていると、会計上では進行期で処理し前期修正損が立って、２重引きの状態を回避するために、申告の際の税金計算上で戻すために別表四と五で整理するので、良いと思います。

回答を頂きまして、ありがとうございます。
確認したいのですが、そうすると、当期の開始残高を更生後の欠損金に入れなおすことになるのですが、貸借がずれてしまうと思うのですが・・・
よろしくお願いします。

仮に鉛筆１００円を代表者が代払いしてたレシートの「経費」の入力漏れがあった場合。

・修正申告書（更正の請求）では、別表４で減算・留保して、別表５で代表者借入金が残ると思います。
・もちろん繰越欠損金も正当額になります。

・次の期の申告で、これを会計処理すると、
消耗品費／代表者借入金　１００円
・代表者にお金を返して
代表者借入金／現金　１００円
・会計上の消耗品費は、更正の請求済みなので、すでに経費になっている分を
別表４で加算・留保で処理。
・その留保は、
別表５で残っている代表者借入金を減します。
・この時、別表５（一）期首の欄に、代表者借入金１００円がある状態からスタートになります（これは、更正の請求で発生している分です）。
もしかすると、この入力がないのではないでしょうか。

【修正申告等の処理について】
確定した決算の後に、修正や更正請求で増減した損益に対応する資産や負債は、決算書をなおす訳にいかないから、別表５でいったん記入になっているイメージになります。
もちろん流出した場合は、残りませんが。

おそらく、これで、きれいになると思います。