社員で副業のみ普通徴収にできますか？

1.2か所以上から給与の支払を受けている人で、主たる給与以外の給与の収入金額と給与所得及び退職所得以外の所得の金額の合計額が20万円を超える人は、確定申告が必要になります。20万円を越えなければ確定申告は不要ですが、住民税の申告は必要になります。
2.副業の所得が給与所得以外であれば、申告の時に普通徴収を選択できますが、同じ給与所得の場合は普通徴収が選択できないため、本業の方と合わせて特別徴収になります。そのため、副業の情報が漏れることになります。
3.市区町村によっては、副業の所得が給与所得でも普通徴収を選択できる所もあるようです。お住まいの市区町村に確認されることをお勧めします。

ご返答ありがとうございます。ではアルバイト先で、個人住民税を特別徴収できない従業員がいる場合の手続きをして頂くと、本業先に合算されて通知が行く事がないのでしょうか？

アルバイト(副業)についての住民税は、市区町村によっては普通徴収にできる所もあるそうですが、それであれば普通徴収での給与支払報告書が送付されれば普通徴収で納付できると思います。しかし、普通徴収を選択できない市区町村の場合は、アルバイト先が普通徴収の給与支払報告書を送付しても、本業の方と合わせて特別徴収になると思います。

再度のご返答ありがとうございます。
普通徴収できない市区町村とありますが、大阪市の場合その旨はどこで確認する事が出来るのでしょうか？

市区町村の個人住民税課に確認をすれば、すぐに分かると思います。