個人事業主の元で働く従業員の確定申告について

これはあくまで推測ではありますが、彼の勤め先が彼の住まいを管轄する市役所に「給与支払報告書」を提出しているのだと思います。
この「給与支払報告書」は、法律に基づき提出が義務付けられているのですが、提出を受けた市役所は、その資料に基づき彼の住民税を決定し、彼は自分で住民税を納付するという流れだと思います。
そうだとすると、「給与支払報告書」自体が正しく作成、提出されておれば本来納めるべき住民税額が決定されているはずです。
これを確認するためには、市役所で課税証明書を請求（代理人が請求する場合は委任状が必要）することでも可能ですが、住民税決定通知書を見れば給与収入金額が記載されていますので、それで確認することはできます。

わかりやすい回答ありがとうございました。
源泉徴収票に支払った住民税の金額は記載されていなくてもきちんと市役所で計算してくれているという事なんですね。
あまりにも住民税が高額なので課税証明書を請求してみようと思います。
ありがとうございました。