取締役が社宅として借りている賃貸物件に払う家賃

役員の借上げ社宅の賃貸料は、貸与する社宅の床面積により「小規模な住宅」と「それ以外の住宅」とに分かれ、それぞれで計算式が異なります。
① 小規模な住宅：木造や軽量鉄骨造では132㎡以下、重量鉄骨や鉄筋ｺﾝｸﾘｰﾄ造では99㎡以下の住宅。
② それ以外の住宅：上記の面積を超える住宅。

弟さんの新らたな賃貸住宅はどちらになりますでしょうか。
① 小規模住宅であれば、下記サイトの「1」の計算式で計算した金額になります。50％の家賃負担をする必要はありません（実際にはかなり低い金額になります）。
② 小規模住宅以外の場合には、下記サイトの「2」の計算式で計算した金額か、家主に払う家賃の50％の金額とのいずれか多い金額となります。

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2600.htm

従って、「6：4」という負担割合がどのような根拠で決めたのかを税理士さんに確認する必要があります。社宅家賃に関しては通達で示された計算方法がありますので、それに従って計算する必要があります。そして、小規模住宅であれば、かなり低い金額になるのが一般的です。
以上、宜しくお願いします。