個人事業主の所得とサラリーマンの手取りの違いとは？

ご相談の文言をそのまま直訳（解釈）しますと、次のような違いになります。
「個人事業主の所得」は事業の収入金額から必要経費を差し引いた金額であり、所得税等が課税される前の金額になります。
一方の「ｻﾗﾘｰﾏﾝの手取り」は給与収入から所得税等を源泉徴収された金額、すなわち、税引き後の金額になります。

したがって、「個人事業主の所得」が500万円の場合には、そこから所得税等が課税されますので、税引き後の手取り金額はさらに少ない金額になりますが、「サララーマンの手取り」が500万円の場合には、通常は所得税等が徴収された後の純手取り額と考えることができます。

ご相談の主旨と私の認識（ご相談文の読み方）に相違があるようでしたら、再度、ご投稿ください。
よろしくお願いします。

すみません。
純手取り額同士を比較した際に、サラリーマンの場合はガラス張りだが、自営業の場合は表に出てこない部分がある、というような違いはありますか？

サラリーマン（給与所得者）の場合は1年間の収入金額が会社からの源泉徴収票という形で報告（証明）されるため、収入金額に関しては隠しようがないといえます。
一方の自営業者（事業所得者）の場合には自らが収入金額と必要経費を計算して確定申告することになりますので、収入金額が漏れずに全て申告されているかどうかは、税務調査をしてみないと正確には判断できないというのが正直なところではないかと思います。
ご相談者様が仰る「表に出てこない部分」の意味が読み取れませんでしたが、上記の回答でニュアンス的に伝わりましたでしょうか。
まだ、認識違いがあるようでしたら、再度ご投稿ください。
よろしくお願いします。

トーゴーサンなどというフレーズもありますが、税務調査で脱税の事実が明らかになることも多いのでしょうか？

トーゴーサン（10・5・3）や、クロヨン（9・6・4）といった言い方をよく使いますが、これらは「給与所得者」と「事業所得者」と「農業所得者」の各々の所得を税務署がどの程度の割合で把握しているかをゴロで呼称しているもので、「当らずといえども遠からず」といったところかもしれません。
東京国税局管内での所得税の税務調査の状況としては、平成25事務年度に関しては、簡易な接触まで含めますと27万件程になっており、そのうち15万件以上から申告漏れが指摘されています。
詳しくは下記サイトをご参照ください。
https://www.nta.go.jp/about/organization/fukuoka/release/h26/shotoku_shohi/index.htm

税務署には様々なデータや情報が各方面から集まっているのが現状で、その情報収集能力は高いといえます。

農業所得者が極端に低いのはなぜなのでしょうか？

農業所得に関しては、確定申告において「農業所得標準」が利用されていました。
「農業所得標準」とは、農業所得金額を実額で計算できない納税者のために、各税務署管内の市町村が組織した農業所得標準協議会等が毎年作成しているもので、この標準率で申告した場合にはそのまま認めるというのが一般的な慣行になっていました。
この「農業所得標準」を用いて農業所得を算出すると、収入金額に関係なく作付面積で所得金額が左右されるため、実際の収入金額や所得金額が正確に申告に反映されていなかったといえます。
そのため、これでは適正な所得計算が実現できないことから、最近では各市町村において「農業所得標準」を廃止しているのが現状となっています。