株式譲渡の税率

非上場会社の株式として回答します。
株式の発行会社に譲渡すると税率55%になり、

→違います。発行会社への譲渡は株式の売買ではなく資本の払戻しとして取り扱われますので、譲渡金額－（一株当たりの資本金等の額×売却株数）が総合課税のみなし配当になり、給与所得等の他の総合課税の所得と合算して確定申告をします。
みなし配当については20.42％（復興特別所得税を含む）の源泉徴収がされますので、確定申告で源泉徴収税額を控除します。
55％というのは所得税の最高税率45％＋住民税10％のことかと思いますが、所得税は超過累進税率なので総合課税の課税所得が4,000万円を超えなければ55％が適用される所得は生じません。
また、（一株当たりの資本金等の額×売却株数）－取得価額が分離課税の一般株式等の譲渡所得になり、所得税及び復興特別所得税が15.315％、住民税が5％です。

発行会社の社長個人に譲渡する場合の税率は20%になると

→復興特別所得税を除けば20％ですが、正確には譲渡金額－取得価額が申告分離課税の所得となり、所得税及び復興特別所得税15.315％＋住民税5％＝20.315％です。