無申告で一年前の申告をする場合

無申告で一年前の申告をする場合(期限後申告)、自分で無申告加算税や延滞税を計算して提出する必要はないです。

なるほど、つまり申告後に加算された額の請求がくるということでしょうか？

また、無申告加算税は所得税、個人事業税、住民税すべてにかかりますか？

いずれも相談者様のご理解の通りになると思います。

計算方式は5%の場合
所得税×0.5、住民税×0.5でいいでしょうか？
収入全体×0.5でしょうか？

無申告加算税は計算する必要はありません。理由は行政処分になるからです。
ただ、延滞税は基本的には自分で計算をして納付することとなります。
しかしながら、延滞税の計算は利率が変動するので実際に計算するのは難しいので、一般的には税務署に連絡して延滞税金額を確認し納税しているのが現状です