報酬と報償費の判断基準について

産業医の報酬は、医療法人がそれを受ける場合はその他の医業収入、個人の医師が受ける場合は給与になるとされています。
契約当事者が個人の医師であるとして以下回答します。

産業医に対する報酬は給与として取り扱います。源泉所得税は非常勤として乙欄にて算定します。追加の支払いが生じた場合も給与としての取り扱いになります。

参考：産業医の報酬（国税庁質疑応答（消費税））
http://www.nta.go.jp/law/shitsugi/shohi/13/01.htm

所得税は何パーセントかかることになるのでしょう？

産業医の報酬は月額いくらでしょうか。

産業医にお支払いいただく報酬が月額88,000円未満であれば、支払額の3.063％を源泉徴収することになります。

では、以上の場合はいかがですか？

ご質問と回答がかみあっていませんが、以下の情報がないと回答ができません。
・産業医の方との契約は個人の医師でしょうか、医療法人とでしょうか。
・産業医に支払う報酬（月額）はいくらでしょうか。

個人の医師です。
月額ではなく年額で七万円です。

一括で支払われるのであれば2,144円の源泉徴収になります。

そのようなことはどの条文に書かれているのでしょうか？

「給与所得の源泉徴収税額表」の月額表（乙欄）をご自身で確認ください。