不動産譲渡所得税いついてご教授くださいませ。

共有物件の譲渡所得を計算する場合には、まずは売却価額を土地価額と建物価額に分ける必要があります。
本件の場合、総額が1億円というだけで、その内訳が分かりませんので、仮に建物の価額を4,000万円としますと、土地の価額は6,000万円となります。
建物は相談者様単独とのことですので、1億円の収入金額は次のようになります。
・相談者様　土地代3,000万円、建物代4,000万円、総額7,000万円
・お母様　　土地代3,000万円、総額3,000万円

次にそれぞれの譲渡所得の金額を計算しますが、建物に関しては購入時から売却時までの減価償却費の金額を控除する必要があります。ご相談の文面から4,000万円とします。

また、譲渡費用を仮に500万円としますと、こちらもそれぞれの売却時の収入金額の割合で案分する必要があります。
・相談者様の譲渡費用　500万円×7,000/10,000=350万円
・お母様の譲渡費用　　500万円×3,000/10,000=150万円

上記前提で譲渡所得の金額を計算しますと次のようになります。
・相談者様　7,000万円-2,500万円(土地取得費)-4,000万円-350万円=150万円
・お母様　　3,000万円-2500万円-150万円=350万円
なお、相談者様は居住用財産の譲渡所得の特例が適用できると思われます。

確定申告する先は、転居後の住所地の税務署になります。

譲渡所得の計算に関しては、前提条件が異なりますとそれぞれの金額も変わりますのでご了承ください。
以上、ご参考になれば幸いです。

ご回答、誠に有難うございます。

取得時の土地と建物のそれぞれの価格はわかるのですが、譲渡時は土地と建物で1億で土地と建物のそれぞれの価格が不明な場合は何を基準に算出されるものなのでしょうか？

建物の取得価額が明らかであれば、その未償却残高を建物の価格とすることも一つの方法かと思います。その場合、差額が土地代になりますので、その価格が近隣の土地の相場と解離していないかを確認する必要があります。
上記の方法で算出した土地の価額が相応しくない場合には、土地の時価を合理的に算定して、差額を建物代とする方法もあります。土地の時価の算定方法としては、土地の相続税評価額を0.8で割り戻して計算する方法があります。
実務では上記のような色々な方法から合理的に算定するようになります。
以上、ご参考になれば幸いです。

ご丁寧な回答、誠に有難うございます。
とても参考になりました。