給与　年末調整における過不足額控除　　計算について

配偶者特別控除は合計所得金額が1,000万円を超えると適用できませんが、相談者様の場合はいかがでしょうか。
年末調整で不足(徴収)となった理由には、毎月の源泉徴収されていた金額が何らかの理由で少なかったことが考えられます。また、月々の給与の金額が大きく変動する(多い月と少い月の差が大きい)場合にも、年末調整の結果、徴収になるケースがあり得ます。
以上、ご参考になれば幸いです。

配偶者特別控除ではなく「配偶者控除」でございます。
だから、１，０００万円を超えていても３８万円は控除されますので、還付されると思います。
なぜ、還付されないのでしょうか？

また、給与や賞与も、月々は一定でございます。

何卒、よろしくお願い申し上げます。

ご連絡ありがとうございます。
配偶者控除はご主人の所得制限はなく適用できますので、それが徴収になる原因ではないと思われます。
他に考えられる原因としては、月々の給与の税率と賞与の税率の差があります。賞与の源泉税の税率は前月の給与の金額が基になりますので、給与の金額と賞与の金額のバランスが崩れますと、賞与の源泉税が結果的に少なくなってしまうことがあります。
正しい原因を会社の年末調整担当の方に伺っても別段問題ではありませんので、納得のいく回答を求めることが宜しいと思います。
宜しくお願いします。

御回答ありがとうございました。
担当者に納得のいく回答を確認してみたいと思います。