会社を退職した後の所得税の還付に関して

交渉次第ですが，会社による「源泉所得税及び復興特別所得税の誤納額の還付請求」の手続きで，納付した源泉税を会社が取り戻すことができ，ご相談者様に返金することができるものと思われます。

下記に国税庁の該当手続きのページを貼ります。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2506.htm

ご相談者様の退職によるサインオンボーナスの返金は，上記のページの中で，
「（3） 支払額が条件付のものであったため返還を受けたことによる過誤納金」
に該当するものと思われます。

会社にかけあってみるとよろしいかと思われます。
ただし，還付手続きから還付金の入金までに２か月程度かかるのが一般ですので，現時点からの手続きの場合，会社の手続きのタイミングによっては，結果的に年末調整による還付とそれほど変わらない可能性もあると思われます。

早速のご回答ありがとうございました！

会社と交渉してみたいと思います。
ちなみに雇用保険を誤納付した際はどのような手続きが必要なのかお分かりになりますか？

＞ちなみに雇用保険を誤納付した際はどのような手続きが必要なのかお分かりになりますか？

雇用保険につきましては，毎年6月から7月10までに行う年度更新の際に，前年度の支給実績に基づいて清算されることになります。
そのため，ボーナスの支給と返金が同一年度でしたら，労働局等への雇用保険の納付が生じていないと思われます。
その場合，会社とご相談者様との間の清算だけで完了することとなりますので，雇用保険分を差し引いて返金を求められている場合には，その清算も完了したことになるものと思われます。

承知致しました、ご回答ありがとうございます。大変助かりました。