孫会社を子会社化する場合のストラクチャーの選択について

詳細がわかりませんので、一般的な回答となります。
ご記載の内容であれば、親会社・子会社・孫会社には完全支配関係がありますので、現物分配にしても分割（後記の通り金銭等不交付要件はあります）にしても税制適格となり組織再編税制における法人税課税はなく、繰越欠損金の使用制限や特定資産の譲渡損失等損金算入制限といった税務上の差異はないと考えられます。
手続き上からいえば、分割の場合、一般的に分割承継会社（親会社）は分割の対価を子会社に交付しますので債権者保護手続きを要する場合が多く、手続きに最低1カ月以上の時間を要します。また税制適格要件を満たすためには分割の対価を親会社株式のみとする必要がありますが、会社法では子会社による親会社株式の保有は禁止されており、組織再編等で保有した場合でも相応の期間に処分しなければならないとされています。
一方、現物分配の場合は、孫会社株式を親会社に配当として渡すだけですので債権者保護手続きが不要で、子会社と孫会社の決算さえ出来ていれば最短1日でも可能です。また、税制適格要件も、「現物分配の直前において現物分配法人との間に完全支配関係がある法人のみである」のかどうかで判定されるため、他の組織再編よりも要件が少ないです。